Frage:
Welche Tools ermöglichen einen schnellen Vergleich der NetCDF-Ausgabe von Ozeanmodellen?
ZZZ
2014-04-16 22:39:04 UTC
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Ich schreibe meine eigenen MATLAB-Skripte, um den größten Teil der Visualisierung und Datenanalyse von Modellergebnissen durchzuführen. Ich frage mich, ob es einen schnelleren Weg gibt, um Simulationsergebnisse aus verschiedenen Ozeanmodellierungssystemen visuell zu vergleichen. Gibt es ein (vorzugsweise kostenloses) Softwarepaket, das mit CF ( Climate and Forecast Metadata Conventions) kompatiblen NetCDF-Modellausgaben direkt funktioniert, oder ist immer eine Codierung erforderlich?

@bhf ah, danke. Sieht so aus, als wäre das derzeit eine klimawissenschaftsspezifische Sache, aber wenn es sich auf andere Bereiche der Ozean- und Atmosphärenwissenschaft ausbreiten könnte, könnte es nur eine gute Sache sein ...
Bitte stellen Sie hier keine Einkaufs- / Empfehlungsfragen. Versuchen Sie [softwarerecs.se]
Ich bin nicht der Meinung, dass dies eine Empfehlung für Software ist - die übergeordnete Frage lautet nicht so sehr "Welche Software soll ich verwenden?", Sondern "Was ist eine schnelle und einfache Möglichkeit, diese ozeanografischen Datensätze zu vergleichen?". Ich denke, wenn die Frage bearbeitet würde, um die Betonung als solche zu ändern, wäre sie hier ziemlich eindeutig gültig. Es * mag * ein wenig breit sein, aber ich denke, es könnte mit ein wenig Bearbeitung behoben werden - vielleicht ein Beispiel für das zu lösende Problem.
Sieben antworten:
#1
+19
BHF
2014-04-22 10:33:01 UTC
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Für einen sehr schnellen visuellen Vergleich würde ich Cube Browser oder ncview zusammen mit einem Befehlszeilenprogramm wie den Climate Data Operators verwenden. Für die schnelle Produktion von gut aussehenden Grafiken (und Animationen) macht Panoply wirklich gute Arbeit. Für weitere Analysen oder spezielle Grafiken folgen Sie Ihrem Ansatz und Skript mit Dingen wie MATLAB, Python (z. B. mit Iris), IDL, R, ncl oder was auch immer die Leute in Ihrer Umgebung verwenden.

#2
+17
Deditos
2014-04-17 02:55:37 UTC
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Die Autoren von netCDF, UNIDATA, führen auf der netCDF-Website eine ziemlich umfangreiche Liste von Visualisierungssoftware. Vermutlich wird sogar ein Excel-Add-In für Masochisten erwähnt.

Im Laufe der Jahre habe ich festgestellt, dass Ferret mit CF-kompatiblen Dateien zuverlässig (und nicht konform) ist (für diese Angelegenheit) und nützlich für interaktive schnelle Looks und einfache Manipulationen. Es versteht beispielsweise das von CF empfohlene UDUNITS-Zeitformat und wendet automatisch die Attribute scale_factor und add_offset auf Variablen an. Es ist sicherlich schneller, etwas auf den Bildschirm zu bringen als die Python / R / Matlab-Route, die ich normalerweise für Präsentations- und Veröffentlichungsqualitätsdiagramme verwende.

Wenn Sie nach einem GUI-ähnlichen Viewer suchen, dann habe ich Ich habe gute Dinge über Panoply gehört, obwohl ich zugeben muss, dass ich es selbst nie benutzt habe.

Vielen Dank, dass Sie auf die Liste der Software verweisen. Ich fand, dass die [ncBrowse] (http://www.epic.noaa.gov/java/ncBrowse/) die einfachste Point-and-Click-Oberfläche unter den von mir getesteten hat.
#3
+12
milancurcic
2014-04-23 08:52:59 UTC
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Ich bin ncview, um einen kurzen Blick auf NetCDF-Dateien zu werfen.

Ich würde auch empfehlen, Unidatas Integrated Data Viewer (IDV) auszuprobieren. Es eignet sich hervorragend zum Überlagern von geophysikalischen Feldern in 3D aus verschiedenen Quellen. Neben NetCDF werden viele andere Formate unterstützt. Es enthält auch eine vorinstallierte Liste verschiedener Beobachtungs- und Modelldaten-Repositorys über THREDDS und OpenDAP. Mit IDV können Sie auch Funktionen und Operationen zwischen Feldern in verschiedenen Gittern oder Projektionen definieren. Beachten Sie, dass IDV meiner Meinung nach nicht für ernsthafte Analysen geeignet ist, sondern eher für die visuelle Untersuchung von Datensätzen geeignet ist.

#4
+11
Matteo De Felice
2014-04-22 12:29:33 UTC
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Normalerweise verwende ich die folgende Software für eine schnelle Ansicht meiner NetCDF-Dateien:

  1. NASA Panoply ( Panoply NetCDF, HDF und GRIB Data Viewer): Java-basiert , sehr gut zum Öffnen von HDF, NetCDF, GRIBs ...
  2. CDO fungiert als schattiert, konturiert usw. (sehr einfach, aber nützlich über die Befehlszeile)
  3. MATLAB und R mit ihre Grundfunktionen
  4. ol>
#5
+11
ivica
2014-04-23 12:04:40 UTC
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Nur um meinen Standpunkt hinzuzufügen;

  1. Mit ncks können Sie viele Dinge tun, z. B. differenzieren, abrufen, einige Variablen extrahieren, die Dimension in Scheiben schneiden usw.
  2. Wenn Sie einige binäre Operationen ausführen möchten Netcdf-Dateien berücksichtigen ncbo. Bei großen Dateien ziehe ich es vor, zunächst das zu reduzieren, was ich möchte. Es funktioniert auch opendap remote.
  3. Hasse Matlab, also bin ich zu NCL (NCAR) gewechselt, das einfach ist und viele Skripte hat, die bereits für die meisten gängigen Modelle vorbereitet wurden. Keine Notwendigkeit zu sagen, dass es Veröffentlichungsqualitätszahlen erzeugt;)
  4. Es gibt einen Teil der Bibliothek für Python (pyNGL), die gleiche Syntax, also einmal, wenn Sie mit ncl vertraut sind, einfach, es auch in Python zu verwenden, Unterstützung für andere Formate wie grib, hdf, ...
  5. ol>
#6
+6
arkaia
2015-01-27 02:30:16 UTC
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Mit Matlab können Sie ncgeodataset ( http://code.google.com/p/nctoolbox/wiki/ncgeodataset) ausführen, um die netcdf zu unterabtasten, ohne große Datenmengen herunterladen zu müssen.

Zum Beispiel

  nc = ncgeodataset ('http://thredds.jpl.nasa.gov/thredds/dodsC/ncml_aggregation/OceanTemperature/ghrsst/aggregate__ghrsst_JPL_OUROCEAN-L4Uf -GLOB-G1SST_OI.ncml '); gvar = nc.geovariable ('analysed_sst'); s.time = {'20-Mai-2012 ', '24 -Mai-2012'}; s.lat = [40 41,5]; s.lon = [0 2,0]; sub = gvar.geosubset (s); % Subset-Methode pcolor (sub.grid.lon, sub.grid.lat, double (Squeeze (sub.data (1,:, :))) - 273.15);  
#7
+4
Neo
2014-04-16 22:47:52 UTC
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Obwohl ich die Besonderheiten der Ozeanmodellierung nicht kenne, ist immer eine Codierung erforderlich, es sei denn, es gibt einen "Standard", in dem Knoten organisiert und geschrieben sind (dh X, Y, Z). Darüber hinaus hängt die Art und Weise, wie eine Datendatei geschrieben wird, immer davon ab, wie Aufgaben im Modell an den Prozessor delegiert werden: Ist das Modell für die Ausführung auf einem persönlichen PC oder einem Beowulf-Cluster ausgelegt?

Möglicherweise können Sie beispielsweise OpenDx verwenden, um die Ergebnisse der Ozeanmodellierung zu vergleichen, obwohl ich immer noch der Meinung bin, dass ein schnelles Python-Skript erforderlich ist, um alle Datentypen richtig zu formatieren .

Ich denke, netcdf strebt danach, dieser Standard zu sein ... aber es scheint bisher eine begrenzte Akzeptanz bei Softwareanbietern zu haben.
@SimonW, Ich denke, es ist CF, das den Metadatenstandard für geowissenschaftliche Variablen anstrebt. NetCDF ist eher ein inhaltsunabhängiges Containerformat.
@defitos nicht wirklich agnostisch, da sie die Verwendung von CF vorschlagen


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